La historia del actual Museu Etnològic i de Cultures del Món tiene su origen en el siglo xx, con la creación de dos museos independientes: el Museo de Industrias y Artes Populares (1942) y el Museo Etnológico y Colonial (1949). Estos dos museos tuvieron un papel determinante en el estudio y la dinamización de la disciplina etnológica.
Ubicado en el Pueblo Español, el Museo de Industrias y Artes Populares estaba dedicado a la cultura catalana y peninsular, en su variante pirenaica, y sus colecciones, centradas en los oficios, las tradiciones y la vida cotidiana. El museo tenía una sección etnográfica diseñada por Ramon Violant i Simorra. Al principio, este ámbito albergó algunos objetos de la sección de etnografía del Museu Arqueològic, creada por el director del Archivo Histórico de la Ciudad, Agustí Duran i Sanpere, y por el etnólogo Joan Amades.
Fundado el 1948, tras la aprobación plenaria del 26 de octubre de aquel año, el Museo Etnológico y Colonial se inauguró en 1949 en un antiguo pabellón construido en Montjuïc con motivo de la Exposición Universal de 1929. Aunque la mayoría de los fondos procedían de otros museos de la ciudad, las colecciones se fueron incrementando con motivo de diversas expediciones etnoantropológicas alrededor del mundo que se llevaron a cabo hasta los años setenta (en 1979 el Ayuntamiento de Barcelona suprimió los presupuestos para adquisiciones en el extranjero). A diferencia del Museo de Industrias y Artes Populares, el Museo Etnológico y Colonial, dedicado a la etnología general, tenía como objetivo albergar colecciones de cultura material de ámbito mundial.
En 1962, el Museo de Industrias y Artes Populares y el Museo Etnológico y Colonial se unificaron en un solo museo, bajo la dirección de August Panyella. La unión de las dos líneas museísticas da como resultado una visión global de la etnología, que incluye desde los aspectos más próximos hasta los más lejanos.
En 1973 se inauguró el Museu Etnològic en el paseo de Santa Madrona, 16-22, en un edificio construido expresamente para albergarlo. Conocedor de las colecciones y sus necesidades, la construcción contó con la colaboración y el criterio de August Panyella, primer director del nuevo museo, como también de su equipo.
En 1982, los dos museos volvieron a separarse, pero en esta ocasión se separaron en tres ya que se creó también el Museu d’Arts Gràfiques, en el Pueblo Español.
Finalmente, en 1999 se unieron de nuevo definitivamente, convirtiéndose en un único museo con una colección de materiales de todo el mundo, Europa incluida (zonas de Austria, España, Grecia, Portugal o Turquía), integrada por unas 70.000 piezas.
En 2011 se firmó un convenio con la Fundación Folch para incorporar, en comodato, un gran conjunto de piezas no europeas de su colección. Las piezas de la Fundación Folch que se conservan y exponen en el Museu Etnològic i de Cultures del Món son contemporáneas a las que conserva el museo y, en muchos casos, fruto de las mismas expediciones. Son, por tanto, piezas que comparten un origen y un criterio científico comunes.
En 2012 se decidió ampliar y ubicar en un nuevo espacio los fondos de las colecciones no europeas del museo.
En 2015 se formalizó la creación del Museu de Cultures del Món en el barrio de la Ribera, concretamente en el número 12 de la calle Montcada, dentro del recinto que conforman las casas Nadal i Marquès de Llió. La misión del espacio: poner al alcance del público una selección patrimonial de piezas de diversas culturas de África, Oceanía, Asia y América, de titularidad pública y privada.
En 2017 el Museu Etnològic y el Museu de Cultures del Món se convierten en un único museo, el Museu Etnològic i de Cultures del Món, con dos sedes: la Sede Parc Montjuïc, en el edificio del Museu Etnològic inaugurado en 1973 y que había vuelto a abrir sus puertas en 2015 tras una remodelación de cuatro años, y la Sede Montcada, en los espacios de las casas Nadal y Marqués de Llió, expresamente restauradas para crear este espacio de preservación, difusión y proyección social.