La planta baixa exhibeix l'escultura antiga i medieval fins al segle XIV, on destaca el relleu romànic L'aparició de Jesús als seus deixebles al mar, atribuït al Mestre de Cabestany i procedent del monestir benedictí de Sant Pere de Rodes.
La planta primera aplega l'escultura des del segle XV al XIX, on està ben representada l'escultura del Renaixement i el Barroc castellà amb exemples de la major part de les escoles escultòriques espanyoles. A la planta subterrània (sala 12) es concentra la major part de l'escultura en pedra del fons del Museu.
L'escultura comparteix l'espai amb altres col·leccions artístiques que, si bé es troben en una proporció molt inferior a l'escultura, no deixen de ser remarcables. Ens referim a l'orfebreria, el mobiliari, els teixits i, sobretot, a la pintura, de la qual destaquen les taules medievals.
La riquesa iconogràfica de la col·lecció i la diversitat de materials i tipologies són altres vessants inherents i complementaris de la visió històrica que, a través de personalitats artístiques conegudes o anònimes, il·lustren i endinsen el visitant d'aquesta singular col·lecció en el món de l'escultura hispànica.
11 Políptic de la vida de Santa Clara (sala 15)
Cap al 1500 Monestir de Calabazanos (Palència)
Segon quart del segle XVI Palau de Miquel Mai i els Pinós (Barcelona)
Bartolomé Ordóñez 1517-1520
14 Políptic de la Mare de Déu de la Soledat (sala 19)
Mestre de la Santa Sang 1520-1525
Alonso Berruguete 1526-1532
Juan de Juni Cap al 1537
17 Relleus de la vida de la Verge (sala 22)
Manuel Álvarez 1570-1576 Retaule major del Monestir de la Santa Espina (Valladolid)
18 Sant Antoni de Pàdua (sala 25)
Gregorio Fernández 1620-1630
19 Sant Pere d'Alcántara (sala 27)
Pedro de Mena 1663-1673
Francisco Salzillo 1750-1770