La línia editorial del Museu es fonamenta en dues tipologies de publicacions. D’una banda, els anomenats Quaderns del Museu Frederic Marès, col·lecció iniciada l’any 1994 com a publicacions periòdiques, que han acabat convertint-se en els catàlegs de les exposicions temporals del Museu i que des del 2004 s’editen majoritàriament en versió trilingüe (català, castellà i anglès). De l’altra, els Catàlegs de fons, catàlegs raonats de les col·leccions del Museu, dels quals ja se n'han editat 5 volums.

El Museu edita altres publicacions de divulgació general com la Guia del Museu Frederic Marès (català, castellà i anglès).