Paral·lelament a l'execució del Projecte de Remodelatge museogràfic del Museu s'ha endegat un Programa de Restauració d'obres escultòriques per al període 2010-2011.

Per aquest motiu, s'ha intensificat la labor de restauració de les escultures del període que va del segle XV al XIX, fonamentalment talles policromes, que han d'ocupar un lloc destacat en el nou discurs museològic i museogràfic proposat. S'han seleccionat obres d'autors reconeguts o del seu cercle, com Juan de Juni, el cercle d'El Greco, el cercle de Gaspar Becerra, Manuel Álvarez, Gregorio Fernández, Pedro de Mena i el cercle de Gil de Siloé.

Des del mes de juny de 2010 el Museu compta amb la col·laboració de diversos patrocinadors, empreses i particulars, que finançaran amb les seves aportacions  la restauració d'algunes obres.