Neo, un informàtic que sap com infiltrar-se en sistemes avançats, rep la visita d'uns agents del govern que l'aturen. Poc després, Neo és contactat per Trinity, una noia que presenta Morfeu, el líder d'un grup de rebels que li descobreixen que en realitat la humanitat ha estat esclavitzada per les màquines i tot el que ha viscut fins ara és una falsa realitat creada per la intel·ligència artificial. Amb l'ajuda de Morfeu, Neo despertarà el món real i lluitarà contra el totpoderós sistema de Matrix.