El proyecto inicial del edificio, que después fue reducido, preveía tres plantas: a la planta baja, comedores, cocinas, despensa y horno; a la primera planta, los dos dormitorios- el uno para hombres y el otro para mujeres-, las secretas y la capilla, y a la planta de arriba, el guardarropa. También incluía un claustro y un sobreclaustro.

La Casa de Convalecencia constituyó una mejora clara en la atención a los enfermos convalecientes. A finales del siglo XVII, tenía doscientas camas de hierro, cuatrocientos colchones y cuadros para «alegrar la vista», y a los enfermos que podían tomar los daban carne y postres. El vínculo de la Casa de Convalecencia con el hospital continuó, así, hasta principios del siglo XX.