El jurado internacional ha valorado su trabajo innovador en la secuenciación de genomas de especies y poblaciones extinguidas, por sus contribuciones revolucionarias a la paleogenómica, que han revelado las conexiones genéticas entre humanos modernos y homínidos extinguidos, y han transformado nuestra comprensión de la evolución humana. Ha recibido otros reconocimientos, como el Premio Nobel de Medicina o Fisiología en el 2022 o el Premio Príncipe de Asturias.

El Premio Hipàtia, otorgado por el Ayuntamiento de Barcelona en colaboración con el Barcelona Knowledge Hub de la Academia Europaea, se creó en el 2018 como una de las acciones del primer plan Barcelona Ciencia. Su objetivo es visibilizar la investigación de excelencia que se hace en Europa y dar un impulso a la ciudad de Barcelona como Capital Europea de la Ciencia y el Conocimiento.